GLOBALG.A.P. es gobernada por un Comité de Dirección formado por representantes del sector productor y minorista y presidido por un presidente independiente. La Certificación GLOBALG.A.P. es desarrollada y definida por varios Grupos de Enfoque, cinco Comités Técnicos y el Comité de Organismos de Certificación. Los Grupos Técnicos de Trabajo Nacionales brindan apoyo a los comités a nivel local. El Comité de Vigilancia de la Integridad (ISC) evalúa las inconformidades, y aplica medidas correctivas y sanciones.

La Secretaría de GLOBALG.A.P. apoya al Comité de Dirección y a todos los comités. Esta función la cumple FoodPlus GmbH, una empresa de responsabilidad limitada, sin fines de lucro y con sede en Colonia, Alemania, que actúa como una plataforma única de gestión para GLOBALG.A.P. La alta gerencia de FoodPLUS GmbH, o sea, su Director Ejecutivo, es responsable por la implementación de las políticas y  normas, facilita el proceso de homologación de GLOBALG.A.P., gestiona la Base de Datos GLOBALG.A.P. y hace cumplir las decisiones del Comité de Vigilancia de la Integridad (ISC).

El EHI Retail Institute es el dueño y el responsable legal y financiero del 100% de FoodPLUS GmbH a través de su filial EHI-Verwaltungsgesellschaft mbH. El EHI Retail Institute también opera el European Retail Academy, una red global de institutos de investigación vinculados a las actividades y a los temas del sector minorista.